Keberadaan Madrasah Aliyah Negeri (MAN) Kupang merupakan sejarah panjang dari warisan Pendidikan Guru Agama (PGA) Negeri 6 Tahun Kupang di Nusa Tenggara Timur (NTT). Secara Historis PGA swasta 4 tahun Kupang berdiri sejak tahun 1958. PGA swasta 4 tahun ini berada di perkampungan Islam Kampung Solor yang sekarang dikenal Kelurahan Solor.
Dalam perjalanan sejarahnya, pendirian PGAN 6 Tahun Kupang ini merupakan inisiatif masyarakat Islam dan Yayasan Pendidikan Islam sejak tahun 1961 yang didukung oleh DANREM 161 Wirasakti, Bapak Kolonel Paikun. Sejak itu pula, diterbitkannya surat keputusan dari pusat dalam hal ini Departenen Agama Republik Indonesia. Mulai tahun 1962 sampai 1969, PGA 6 tahun ini melaksanakan kegiatan proses belajar mengajar termasuk manajemen pendidikannya berlangsung di kampung Solor pada sore hari karena sebagian besar gurunya dan Kepala PGA-nya berasal dari pegawai Inspeksi Jawatan Pendidikan Provinsi NTT. Sebagai Kepala PGA 6 tahun pada masa itu adalah Bapak Drs. H. Moh. Jafar. Sejak itu, PGA 4 tahun melebur menjadi PGA 6 tahun yang dinahkodai oleh Drs. H. Moh. Jafar selama 6 tahun.
Seiring dengan perkembangannya, sekitar tahun 1975 sampai dengan 1983 secara bertahap PGA ini berpindah ke Namosain yang sekarang wilayahnya bernama Kelurahan Nunbaun Sabu, Kecamatan Alak Kota Kupang. Ketika berpindah ke Namosain, PGA ini sudah bergelar PGA 6 tahun dengan Kepala Sekolahnya Bapak Drs. Abas Mustaqiem dan wakilnya Bapak Drs. H. Ridwan Pedang. Berdasarkan data, PGA 6 tahun ini ditetapkan sebagai PGAN sejak tahun 1979. Tahun 1980 Departemen Agama Provinsi Nusa Tenggara Timur mengubah status PGAN 6 tahun menjadi 2 jenjang pendidikan, yaitu 1) Madrasah Tsanawiyah Negeri (MTsN) kelas I, II, dan III; 2) Pendidikan Guru Agama Negeri (PGAN) kelas IV,V, dan VI.
Pada tahun 1990, Departemen Agama RI mengalihstatuskan PGAN 6 tahun menjadi madrasah dengan Surat Keputusan Menteri Agama RI No. 64 tahun 1990. Sejak itulah PGAN 6 tahun beralih status menjadi Madrasah Aliyah Negeri (MAN) Kupang, dengan kepala madrasahnya adalah Bapak Drs. H. Idrus Lamaya. Beliau memimpin madrasah ketika masih berstatus PGAN 6 tahun sejak 1983 sampai dengan tahun 1992.dan beralih kepemimpinan kepada bapak Drs.Wahid Minta hingga Tahun 1995
Pada masa kepemimpinan Bapak Drs. H. Pahlawan Mukin (1995-2009), MAN Kupang ditetapkan sebagai MAN Model Kupang pada tahun 1997. Penetapan MAN Kupang sebagai MAN Model Kupang seiring dengan program pengembangan madrasah secara nasional oleh Departemen Agama RI bekerja sama dengan Asian Development Bank (ADB) dengan mendirikan Pusat Sumber Belajar Bersama (PSBB) dan wismanya menjadi tempat pendidikan dan pelatihan (diklat) guru dan pegawai madrasah di NTT. Sejak itulah MAN Kupang dikenal dengan nama MAN Model Kupang.
Pada masa kepemimpinan ibu Hj Sukarsini S.Ag,M.Ag (2009-2015).Seiring dengan perjalanan kepemimpinan beliau Madrasah Aliyah Negeri Model kupang kembali berubah Nama Menjadi Madrasah Aliyah Negeri Kota Kupang.Pada tahun 2015 beralih kepemimpinankepada bapak Drs Ahmad Betan M.Pd (2015-2017)
Tepat pada masa Purnabakti bapak Drs. Ahmad Betan M.Pd tahun 2017 selanjutnya Kepala Madrasah Aliyah Negeri Kota Kupang dipimpin Oleh Bapak Buniamin S.Pd,M.Si yang resmi di lantik pada tanggal 11 Februari 2018 dan pada tanggal 24 Juni 2022 Kepala MAN Kota Kupang di gantikan oleh Ibu Hj. Umiyati M. Abdulmanan, M.Pd.
